A CMJPLOP funciona em Sessões Plenárias e em Comissões, que asseguram o trabalho técnico das matérias com vista à tomada de decisão. Em 1993, no decurso da II Conferência, foi aprovado o Protocolo Adicional ao Regimento para a Criação de um Secretariado Permanente da CMJPLOP, dirigido por um secretário-geral, com competência para coordenar e executar atividades relativas à preparação, organização e funcionamento da CMJPLOP.
O Secretariado Permanente da CMJPLOP é assegurado pela DGPJ.
A CMJPLOP apresenta cinco grandes linhas de cooperação:
- apoio a reformas legislativas;
- assessorias técnico-jurídicas a entidades na área da Justiça (organização judiciária, sistema penitenciário e de reinserção social, registos e notariado, investigação criminal e medicina legal);
- formação de Magistrados e de outros operadores judiciais;
- formação de dirigentes, quadros técnicos e administrativos da área da Justiça;
- oferta de bibliotecas jurídicas e equipamentos.
A CMJPLOP é constituída pelos oito Estados de língua oficial portuguesa: Angola, Brasil, Cabo Verde, Guiné-Bissau, Moçambique, Portugal, São Tomé e Príncipe e Timor-Leste.